La microbiota es el elemento más importante en la regulación de la respuesta inflamatoria local (a nivel intestinal) y general, debido a que son las bacterias con su correcta distribución, localización y cantidad, asi  como  los metabolitos que ellas producen las que mantiene esta correcta regulación

El colon ascendente está colonizado principalmente por microbiota de fermentación. Nuestro organismo no es capaz de digerir determinados elementos de la dieta, sin embargo, la  que coloniza este tramo del intestino sí puede .  generando en el proceso, grandes cantidades de ácidos grasos de cadena corta y gases (hidrogeno, dióxido de carbono y metano). Los ácidos grasos de cadena corta en general, y butirato en particular, se comportan como grandes moduladores de la respuesta inflamatoria.

El colon descendente, esta colonizado por otro tipo de microorganismos que aunque también tienen capacidad de producir una pequeña cantidad de ácidos grasos de cadena corta y aminoácidos, son grades productoras de amoniaco, aminas biógenas, indol, p-cresol, escatol, etc. metabolitos que alteran el equilibrio intestinal y promueven la inflamación

Cuando los  microorganismos crecen por encima de su rango de normalidad o se localizan fuera de la zona donde deberian estar aparecen patologias como el SIBO o el IMO